Las tierras que hoy ocupa Villanueva de la Reina fueron muy transitadas en la antigüedad, por estar situadas en la vía de Cástulo a Iliturgi y por tanto por formar parte de la vía Augusta.
Su historia se remonta al Paleolítico Inferior. Algunos vestigios localizados en las terrazas del Guadalquivir, así lo confirman. El asentamiento del cortijo La Crujía, es uno de estos sitios arqueológicos que nos remonta a tiempos neolíticos.
La presencia humana durante la época íbera queda patente también en algunos asentamientos y en el descubrimiento de abundante cerámica ibérica antigua.
Fue la antigua Ipra, fundada por los romanos. En esta época tuvo gran importancia. Numerosos hallazgos nos revelan la implantación en el área, de sistemas de parcelación romana como son los asentamientos de tipo villa situados en los parajes de la huerta de en medio, Arroyo del Tesoro, los Artesones, Milanos o varios en el entorno de la Quintería. El más emblemático es la villa de Santa Potenciana, situada sobre una terraza del Guadalquivir y en la que aparece numeroso material de construcción romano. Incluso parece poder determinarse la presencia de algunas infraestructuras hidráulicas como la situada en el entorno de la cortijada de la Madre Vieja.
En los Vasos de Vicarello, en los que aparece la ruta de Cádiz a Roma por Cástulo, se menciona una parada en Ad Noulas o Nobia, que por su disposición poco después de Ucia, se ha identificado con un paraje situado a unos 4 Km del actual casco urbano de Villanueva, conocido como Vega Baja.
En época musulmana fue una pequeña alquería, que tras la conquista de esta comarca fue entregada por Alfonso X a la ciudad de Andújar.
Durante el siglo XV fue escenario de las luchas de los partidarios de Enrique IV, capitaneados por el Condestable Don Miguel Lucas de Iranzo, y la nobleza levantisca. En Villanueva se refugiaron los Palomino de Andújar, y que estaban en contra de la política que llevaba el Alcalde de esta ciudad, Pedro de Escavias, unido a las armas del Condestable Lucas de Iranzo.
En 1605, el obispo Don Sancho Dávila y Toledo bendecía el nuevo templo parroquial, erigido por la fundación de doña Maria Jiménez de Lara, abuela del celebre historiador Ximena Jurado.
Poco después de esta fundación tuvo lugar el proceso de beatificación de Santa Potenciana, uno de los acontecimientos más importantes de la historia de Villanueva de la Reina. Fue elevada a los altares por Urbano VIII.
La antigua Villanueva de Andújar se segregó como lugar de esta ciudad en 1790 y tomo el nombre de Villanueva del Rió, hasta que por unas ayudas recibidas por la Reina Isabel II, cambió su denominación por el que tiene actualmente.
También es destacable la participación de esta localidad en algunos de los eventos más significativos de la guerra de la Independencia, en la Batalla de Bailén (Julio de 1808), firmándose en la Casa de Postas, termino de Villanueva de la Reina, el 22 de Julio la capitulación con los franceses, Chabert en nombre de Dupont y el general Castaños como jefe del ejercito vencedor.
